Los hechos arrancan el 18 de junio de 1961. En una pequeña aldea del norte de España, San Sebastián de Garabandal, cuatro niñas —Conchita, Jacinta, Mari Loli y Mari Cruz— afirman haber tenido una aparición de san Miguel Arcángel. Días después —el 2 de julio de 1961—, reciben la visita de la Virgen del Carmen. Tras esta primera vez, se siguen más de dos mil encuentros con la celestial Señora. El párroco del pueblo, don Valentín, y el brigada de la Guardia Civil, don Juan Álvarez Seco, se encontrarán súbitamente implicados como protagonistas en un acontecimiento que les desborda, tratando de comprender dónde está la verdad, frente a una jerarquía perpleja, y ante una multitud cada vez más creciente de personas que acuden al pueblo en busca de respuestas.
Garabandal, solo Dios lo sabe es un proyecto lleno de sorpresas, a comenzar por su protagonista principal: la Virgen María. El trabajo de los más de 300 intérpretes y de todo el equipo técnico tenía por objeto permitir que Ella —con su presencia materna— pudiera manifestarse a través de esta película.
Importante en la trama de Garabandal, solo Dios lo sabe es la evolución interior del brigada de la Guardia Civil, Juan Álvarez Seco. La posición inicial del Brigada fue simplemente la que le correspondía: asegurar el orden en la pequeña aldea y proteger a las niñas. Pero, jornada tras jornada, el escepticismo inicial de Álvarez Seco se verá sacudido por los sorprendentes acontecimientos de los que, inesperadamente, se ha convertido en testigo privilegiado. A través del camino que realiza el Brigada, cada espectador es invitado a hacer su propio camino interior.
Detrás de las escenas de Garabandal, solo Dios lo sabe solo hay un profundo amor a la Virgen María, y el deseo de colaborar en su misión maternal dirigida a guiar a la humanidad entera hacia el que es su único Salvador: Jesucristo. Por eso, todos los participantes de este proyecto lo han hecho a nivel voluntario.
Otra de las sorpresas de este filme es que ninguno de los intérpretes tenía experiencia cinematográfica previa, ni trabaja en el mundo del cine. Prácticamente lo mismo se puede decir de casi todo el equipo técnico incluyendo al director artístico, Brian Jackson, para el que el proyecto Garabandal, solo Dios los sabe era su primera experiencia a este nivel.